Nel post del mese scorso, ho cercato di descrivere il problema del protein folding, ovvero come
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Strutture presenti nel PDB al 2014. Evidenziate: 1. mioglobina;
2. primi enzimi; 3. RNA di trasporto; 4. virus; 5. anticorpi;
6. complessi DNA-proteina; 7. ribosomi; 8. chaperoni.
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una proteina riesca a ripiegarsi per raggiungere il suo stato nativo, che le consente di svolgere il compito per il quale l'evoluzione l'ha selezionata. Lo stato nativo è però la struttura di una molecola molto grande, che non può essere fotografata. Determinare queste strutture non è mai stato impresa facile e non lo è ancora oggi, nonostante le quasi 130 mila strutture note (fonte: Protein Data Bank). Nella figura qui a lato è riportata la statistica del numero di strutture presenti nella banca dati Protein Data Bank, detta anche PDB. In realtà il PDB contiene non solo strutture di proteine, ma anche complessi di proteine con acidi nucleici (DNA e RNA) e strutture di acidi nucleici (soprattutto RNA), come è possibile vedere in figura (fonte: San Diego Supercomputer Center). Ma come si ottengono queste strutture? Non riuscirei ad essere esaustivo, ma provo a descriverlo a modo mio. L'obiettivo è far capire dove può (e deve) intervenire la biofisica computazionale.
