Tempo al tempo: a ciascuno il suo ∆t.

Chi ha letto "Alice nel paese delle meraviglie" ricorderà il personaggio del Bianconiglio, la rappresentazione della nostra ansia di dover realizzare cose per le quali ormai non c'è più tempo, continuando a ripetere "è tardi, è tardi, è tardi" e di fatto correndo di qua e di là senza portare a termine alcunché. Il Bianconiglio porta con sé un enorme orologio grande quasi quanto lui, l'incubo onnipresente del tempo. Ecco, questo enorme orologio è il fardello che il biofisico computazionale vede davanti a sé non appena costretto a fare i conti con i tempi. Avevo già parlato in un precedente post della possibilità di studiare i movimenti delle proteine facendo applicare ad un computer le leggi della dinamica di Newton, con una simulazione. La simulazione non fa altro che calcolare tutte le forze e, applicando le leggi della dinamica, determinare le posizioni di tutti i pezzi di un sistema dopo un certo intervallo di tempo ∆t. A questo punto, le forze sono cambiate, ma nessuna paura: il computer le ricalcola, applica ancora Newton e determina le posizioni di tutti i pezzi dopo un tempo ∆t. E così via.