Come avrete intuito, il titolo della splendida canzone di Lucio Dalla sarà lo spunto per parlare dei miei progetti in Biofisica Computazionale per il 2018, qui a Trento. Si apre infatti un anno davvero decisivo per ciò che stiamo cercando di mettere su. La prima novità è appunto il fatto che quel "siamo" sta diventando sempre più grande e inclusivo: a partire da questo primo gennaio ha infatti preso servizio presso il nostro Dipartimento di Fisica Raffaello Potestio, vincitore di un finanziamento molto prestigioso del Consiglio delle Ricerche Europeo, o European Research Council (ERC). Si tratta di un finanziamento che va sotto il nome di ERC-Starting Grant e che permette al vincitore o alla vincitrice di svolgere ricerche in completa autonomia presso un qualunque istituto di ricerca in Europa per 5 anni. L'istituto che accoglie il ricercatore riceve anche una buona parte dei finanziamenti che coprono i costi di gestione: Raffaello ha scelto proprio Trento per la sua ricerca che si svolgerà nell'ambito della Biofisica Computazionale.
Di questo sono personalmente molto contento, soprattutto perché nella ricerca scientifica, così come in tante altre imprese umane, è proprio vero che "l'unione fa la forza". Il progetto di Raffaello, di cui qui a lato riporto il logo, si chiama VARIAMOLS, un acronimo per Variable Resolution Algorithms for Macromolecular Simulations. L'idea è quella di sviluppare dei metodi di simulazione (i cosiddetti algoritmi) con risoluzione variabile, cioè che possano descrivere i dettagli di una molecola biologica (gli atomi che la compongono) laddove questi sono strettamente necessari e ne facciano invece a meno nelle zone in cui questi risultano superflui. Come scegliere queste zone e quali dettagli includere? Avremo 5 anni per capirlo!
Il progetto originale di Raffaello avrà due fronti di carattere applicativo, entrambi molto interessanti: uno riguarda i gusci che costituiscono la superficie esterna dei virus (i cosiddetti capsidi virali), l'altro i famigerati anticorpi. Si tratta, in entrambi i casi, di molecole molto grandi per le quali una descrizione che includa tutti i dettagli atomici sarebbe proibitiva.
L'arrivo di Raffaello però permetterà di aprire nuove prospettive anche sul piano didattico: stiamo
infatti studiando l'ipotesi di riproporre il progetto Euregio (del quale avevo parlato qualche mese fa) con l'università di Innsbruck per un corso congiunto e in parallelo sulle simulazioni nell'ambito della cosiddetta materia soffice, un ambito di ricerca che include, ad esempio, le membrane, i materiali polimerici, i fluidi o addirittura intere cellule se rappresentate con modelli opportuni. Su queste tematiche non c'è solo la possibilità di collaborare in modo diretto con l'Università di Innsbruck, ma anche l'idea di poter creare un supporto in ambito computazionale a tantissime attività di ricerca sperimentale che già sono presenti nel nostro Dipartimento.
infatti studiando l'ipotesi di riproporre il progetto Euregio (del quale avevo parlato qualche mese fa) con l'università di Innsbruck per un corso congiunto e in parallelo sulle simulazioni nell'ambito della cosiddetta materia soffice, un ambito di ricerca che include, ad esempio, le membrane, i materiali polimerici, i fluidi o addirittura intere cellule se rappresentate con modelli opportuni. Su queste tematiche non c'è solo la possibilità di collaborare in modo diretto con l'Università di Innsbruck, ma anche l'idea di poter creare un supporto in ambito computazionale a tantissime attività di ricerca sperimentale che già sono presenti nel nostro Dipartimento.
In febbraio, come tutti gli anni pari, ci sarà un convegno molto interessante al quale ho sempre preso parte, nella splendida Bressanone. Il convegno ha come titolo "Physics of biomolecules: structure, dynamics and function": il suo principale merito è quello di aver creato una comunità all'interno del nostro Paese tra fisici teorici e chimici, biologi e biochimici sperimentali che si occupano dello studio delle molecole biologiche. Per la prima volta presenterò i risultati di un progetto che è nato proprio a Bressanone nell'edizione 2016 della stessa conferenza. Sarà anche la prima volta che mi basterà un semplice treno regionale diretto per raggiungere Bressanone...
L'estate si preannuncia già piena di impegni: torna infatti il graditissimo invito presso la Scuola
Internazionale Superiore di Studi Avanzati (SISSA) di Trieste, dove ogni estate si tiene una scuola sulle tecniche di simulazione molecolare. Sempre a luglio sarò anche nuovamente a Parigi, dove sto contribuendo all'organizzazione di un convegno sui metalli nelle applicazioni biochimiche, mediche e tecnologiche. Che i metalli siano importantissimi in queste applicazioni è piuttosto scontato, ma meno scontata è la gestione dei complicati atomi metallici all'interno delle simulazioni, soprattutto per la biofisica computazionale. E' un campo al quale mi sono affacciato da pochi anni, partendo dall'ambito della cosiddetta bioelettronica, ovvero l'elettronica che include anche materiale biologico. Insomma, ci sarà tanto da studiare anche lì. Il convegno, così come la scuola della SISSA, fa parte del calendario di attività del CECAM, ovvero il Centro Europeo per il Calcolo Atomistico e Molecolare, una rete che comprende diversi nodi sparsi in tutta Europa e in Israele.
Sempre per il CECAM sto però organizzando il progetto più ambizioso che avevo in serbo per il 2018, ovvero una conferenza qui a Trento dal titolo molto provocatorio: "Computational biophysics on your desktop: is that possible?", grazie al supporto della SISSA di Trieste. Si tratta di un titolo provocatorio perché qui a Trento, a settembre, ci chiederemo se sia possibile realizzare le simulazioni in biofisica computazionale anche sui nostri semplici computer da scrivania, se non addirittura su un portatile. L'idea è provare a confrontare le tante strategie che sono state messe a punto negli ultimi anni, allo scopo di studiare sistemi sempre più grandi che possano essere confrontati con gli esperimenti. Senza un vero confronto con gli esperimenti sarebbe infatti molto difficile ottenere un reale progresso nella nostra comprensione dei processi biologici.
A settembre però ci sarà un altro evento per me molto importante: sono stato invitato infatti a tenere
una "topical review", ovvero 50 minuti di presentazione sulla biofisica computazionale ad un meeting della Radiation Research Society, a Chicago. In questo caso avrò l'onore di spiegare ai colleghi che si occupano di ricerche sulle radiazioni ciò che la biofisica computazionale può fare per loro. Non sarà facile, come non lo è mai parlare di qualcosa che si conosce bene ad un pubblico che in realtà si occupa di altro: tuttavia la scommessa della Radiation Research Society è che effettivamente la biofisica computazionale possa contribuire a chiarire alcuni aspetti legati, per esempio, agli effetti biologici delle radiazioni, partendo dalle molecole biologiche e arrivando ai tessuti. Chi mi conosce sa che, nonostante le mie mille paure, le sfide mi piacciono soprattutto quando si tratta di confrontarmi con linguaggi, comunità e sensibilità diverse.
In tutto questo fitto programma cercherò di inserire ancora i miei post su questo blog che proprio oggi compie già un anno di vita: è proprio vero che il tempo passa in fretta quando ci si diverte!
L'estate si preannuncia già piena di impegni: torna infatti il graditissimo invito presso la Scuola
Internazionale Superiore di Studi Avanzati (SISSA) di Trieste, dove ogni estate si tiene una scuola sulle tecniche di simulazione molecolare. Sempre a luglio sarò anche nuovamente a Parigi, dove sto contribuendo all'organizzazione di un convegno sui metalli nelle applicazioni biochimiche, mediche e tecnologiche. Che i metalli siano importantissimi in queste applicazioni è piuttosto scontato, ma meno scontata è la gestione dei complicati atomi metallici all'interno delle simulazioni, soprattutto per la biofisica computazionale. E' un campo al quale mi sono affacciato da pochi anni, partendo dall'ambito della cosiddetta bioelettronica, ovvero l'elettronica che include anche materiale biologico. Insomma, ci sarà tanto da studiare anche lì. Il convegno, così come la scuola della SISSA, fa parte del calendario di attività del CECAM, ovvero il Centro Europeo per il Calcolo Atomistico e Molecolare, una rete che comprende diversi nodi sparsi in tutta Europa e in Israele.
Sempre per il CECAM sto però organizzando il progetto più ambizioso che avevo in serbo per il 2018, ovvero una conferenza qui a Trento dal titolo molto provocatorio: "Computational biophysics on your desktop: is that possible?", grazie al supporto della SISSA di Trieste. Si tratta di un titolo provocatorio perché qui a Trento, a settembre, ci chiederemo se sia possibile realizzare le simulazioni in biofisica computazionale anche sui nostri semplici computer da scrivania, se non addirittura su un portatile. L'idea è provare a confrontare le tante strategie che sono state messe a punto negli ultimi anni, allo scopo di studiare sistemi sempre più grandi che possano essere confrontati con gli esperimenti. Senza un vero confronto con gli esperimenti sarebbe infatti molto difficile ottenere un reale progresso nella nostra comprensione dei processi biologici.
A settembre però ci sarà un altro evento per me molto importante: sono stato invitato infatti a tenere
una "topical review", ovvero 50 minuti di presentazione sulla biofisica computazionale ad un meeting della Radiation Research Society, a Chicago. In questo caso avrò l'onore di spiegare ai colleghi che si occupano di ricerche sulle radiazioni ciò che la biofisica computazionale può fare per loro. Non sarà facile, come non lo è mai parlare di qualcosa che si conosce bene ad un pubblico che in realtà si occupa di altro: tuttavia la scommessa della Radiation Research Society è che effettivamente la biofisica computazionale possa contribuire a chiarire alcuni aspetti legati, per esempio, agli effetti biologici delle radiazioni, partendo dalle molecole biologiche e arrivando ai tessuti. Chi mi conosce sa che, nonostante le mie mille paure, le sfide mi piacciono soprattutto quando si tratta di confrontarmi con linguaggi, comunità e sensibilità diverse.
In tutto questo fitto programma cercherò di inserire ancora i miei post su questo blog che proprio oggi compie già un anno di vita: è proprio vero che il tempo passa in fretta quando ci si diverte!
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