Dal vostro inviato a Chicago, Illinois

The bean, ovvero il fagiolo, una scultura moderna nella

quale si riflette lo skyline di Chicago all'alba.

Sono reduce (è il caso di dire) da un viaggio lampo negli Stati Uniti, per quello che era l'impegno più temuto di questo 2018, ovvero il mio intervento per una Topical Review al congresso annuale della Società per la Ricerca sulle Radiazioni (Radiation Research Society Annual Meeting), che si è tenuto nella splendida Chicago dal 23 al 26 settembre. E mi sembra giusto parlarne qui, non solo per l'interesse che questa esperienza ha suscitato in me, ma anche per condividere una parte forse poco nota del nostro lavoro di ricercatori, una delle tre componenti fondamentali in cui si articola il mio bellissimo mestiere (le altre due sono la didattica e gli incarichi amministrativi).

Biofisica computazionale sul tuo desktop: é possibile?

Il titolo del post di questo mese è la traduzione dall'inglese del titolo del workshop internazionale che abbiamo organizzato all'Università di Trento dal 3 al 6 settembre e di cui vedete il logo qui a lato. E' stata un'esperienza davvero molto impegnativa ma pienamente riuscita: per quattro giorni Trento è stata il luogo in cui ci siamo confrontati sul presente e sul futuro della biofisica computazionale. Diversi i punti di vista, diversissimi i contributi, diverse le modalità filosofiche di approccio ai problemi, con siparietti anche molto divertenti. Unica nota negativa: la presenza davvero ridotta di rappresentanti del genere femminile. Da organizzatore, assicuro di aver fatto il possibile, ma il campo è ancora statisticamente dominato dagli uomini. Ho maturato una certa esperienza e il problema non è certo di capacità: le donne sanno programmare come gli uomini, ma è un'abilità che viene percepita ancora come maschile e le ragazze che vi si appassionano sono poche. Finora. Io però sono ottimista e le ragazze che hanno seguito i miei corsi lo sanno: la biofisica computazionale non è un lavoro per soli uomini e non lo sarà, di sicuro non lo sarà qui a Trento!

Ferro, Zinco & friends: siamo tutti metallari!

Nello scorso mese di luglio, ho contribuito a organizzare un'interessante conferenza a Parigi, il cui titolo complicatissimo tradotto in italiano suonerebbe "Frontiere e sfide nella computazione dei metalli per applicazioni biochimiche, mediche e tecnologiche". Parigi val sempre un congresso, specialmente quando si tratta di argomenti così interessanti! Perché l'argomento della conferenza era la presenza dei metalli in molti dei calcoli che riguardano enzimi e proteine in generale.

A molti sarà capitato di passare attraverso un metal detector (in aeroporto, o in banca, ad esempio) e doversi spogliare di tutti gli oggetti metallici: tuttavia non facciamo mai caso al fatto che il nostro stesso organismo trasporti un bel po' di metallo al suo interno. Per fare un esempio, il ferro contenuto negli abitanti del nostro pianeta al momento (circa 7 miliardi di persone) sarebbe pari a 3 torri Eiffel e mezzo, sempre per restare nel tema Parigi. Fin da piccoli ci viene insegnato di mangiare gli spinaci perché contengono ferro (con tanto di testimonial Braccio di Ferro) e, non so voi, ma io mi sono sempre chiesto cosa sarebbe successo qualora di ferro ne avessi ingerito un po' troppo: avrei potuto attrarre calamite? Un fisico adulto è stato un bambino strano: forse lo è ancora...

Macchine intelligenti e canali ionici: questo matrimonio s'ha da fare?

Sono reduce (è il caso di dirlo) da uno splendido matrimonio pugliese con uno strepitoso menù a base di pesce, di cui allego reperto fotografico qui a lato: l’associazione di idee mi è venuta quindi spontanea. I miei amici convivevano ormai da un bel po’ di anni e siamo stati tutti molto felici di festeggiare l’ufficialità della loro unione. Il matrimonio di cui vi parlerò questo mese è invece abbastanza curioso e lontano dall’essere ufficiale: si tratta infatti di una delle prime applicazioni degli algoritmi di apprendimento automatico (o machine learning) allo studio dei canali ionici. Lo studio, firmato da Smiruthi Ramasubramanian e Yoram Rudy, della Washington University di St. Louis, nel Missouri, è apparso sul numero di giugno del Biophysical Journal e promette davvero di essere un punto di svolta nel settore, anche se non sono pienamente d’accordo con alcune sue metodiche: del resto il tenutario di questo blog è sempre stato un po’ “picatuso”, come ama sottolineare un mio collega!

Pronti per la prova costume?

Dal titolo del post dovrebbe essere chiaro l'argomento di questo mese: i grassi, che però indicherò con il loro termine scientifico che suona più elegante per il solito vizio italiano di sentirsi più fighi o meglio, più "cool" utilizzando termini di una lingua diversa, in particolare della lingua franca più usata. Oggi è l'inglese ma ai tempi dei romani era il greco, per cui il termine scientifico con cui vengono chiamati i grassi è "lipidi". Tranquilli, però: che siate o meno pronti per la prova costume, non dispenserò consigli su come perdere i chili di troppo, anche perché ne avrei bisogno io. Cercherò invece di descrivere alcuni aspetti delle ricerche sui lipidi in biofisica computazionale, partendo dal perché sono importanti, descrivendo come possono essere studiati e riportando i risultati di uno studio canadese apparso qualche giorno fa sul Biophysical Journal, la rivista americana di riferimento per la comunità dei biofisici.

Cosa farò da grande? Il Biofisico Computazionale!

In quei tempi antichissimi in cui io frequentavo le scuole medie sulle cartine vi assicuro che non c'era il Limes dell'Impero Romano, ma comparivano ancora la Germania Est (o DDR) e la Yugoslavia. Incredibilmente però c'era già la televisione (a colori!!!) e una delle prime pubblicità tormentone cominciava con una domanda posta a una serie di bambini (che oggi saranno probabilmente già genitori): cosa farai da grande? E via con le risposte: il paracadutista, la ballerina, il pompiere, e grazie al cielo nessuno osava dire l'influencer o il tronista, ma neanche il biofisico computazionale! Dopo questa tenera carrellata, compariva una mamma che consigliava, qualunque fosse la scelta, di mangiare i famosi bastoncini di pesce per diventare grandi: tutta forza e niente spine, accompagnata dal mitico capitano qui nella foto. 
Per questo mese ho deciso quindi di ispirarmi a questo tormentone degli anni '80 per fornire alcuni consigli su come si diventa un biofisico computazionale ai giorni nostri: non vi preoccupate, i bastoncini di pesce potete mangiarli o meno, secondo i gusti o sostituirli con un'insalata di seitan, germogli di soia, curcuma e semi di zucca (anche se io consiglierei una sana pasta, aglio olio e peperoncino).

La validazione, questa sconosciuta.

Nelle puntate precedenti ho provato, a mio personalissimo modo, a descrivere alcuni degli aspetti caratteristici della biofisica computazionale, intesa come applicazione delle simulazioni molecolari. Questo mese approfitto di un recentissimo articolo, di cui qui a lato riporto l'immagine rappresentativa, per parlare di validazione delle simulazioni molecolari.

Il termine, di per sé, suona già parecchio strano in italiano, tant'è che il dizionario lo riporta come vocabolo derivato dal sostantivo francese validation. Sempre il dizionario (in questo caso ho consultato il vocabolario Treccani online) ci informa che si tratta del "controllo della validità e della correttezza di dati scientifici realizzato attraverso il confronto con regole e dati già noti e attendibili". Risulta chiaro quindi quale sia il problema: nelle puntate precedenti ho parlato dei campi di forza, dei modelli che permettono di rappresentare una realtà così complicata come una molecola biologica sul calcolatore. Trattandosi di modelli, il confronto con l'esperimento è dunque cruciale: da questo confronto deriva dunque la validazione di cui l'articolo, scritto a 14 mani, tratta.