Il terzo incontro annuale sul progetto Mimosa: Göteborg!

Probabilmente questo post non sarà lunghissimo, ma riporta alcuni appunti che ho scritto all'aeroporto di Stoccolma, di ritorno dal terzo incontro annuale sul progetto Mimosa, di cui ho già parlato in post precedenti. Per chi le avesse perse, l'idea è quella di utilizzare un metodo piuttosto innovativo per determinare la struttura delle biomolecole, con particolare riferimento alle proteine. Si tratta dell'Atom Probe Tomography (APT) o Tomografia a Sonda Atomica (in italiano suona tutto un po' strano). Questa tecnica permette di determinare la posizione di ciascun atomo in un materiale con una precisione pazzesca, addirittura al di sotto del nanometro che è un miliardesimo di metro. Tradizionalmente questa tecnica è stata utilizzata soprattutto in metallurgia per studiare leghe metalliche e in scienza dei materiali per i semiconduttori, ma ultimamente ci sono stati diversi studi che hanno cercato di applicarla al campo delle scienze biologiche, ovvero alla determinazione delle strutture delle proteine o di complessi macromolecolari. In questo contesto, il potenziale dell'APT è davvero unico, perché consente di ottenere delle vere e proprie mappe tridimensionali che specificano dove ciascuna specie chimica si trova, atomo per atomo, pezzo per pezzo di un complicatissimo puzzle in tre dimensioni. Ma come funziona?

Trento 26-29 agosto 2024: Simulazioni biomolecolari alla mesoscala

Scrivo questo post dopo 4 giorni particolarmente impegnativi e ricchi di spunti di discussione: si è appena concluso un congresso organizzato a Trento da me e da alcuni miei colleghi: Sarah Harris dell'università di Sheffield, Angelo Rosa della Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati (SISSA) di Trieste, Ralf Everaers della Scuola Normale Superiore di Lione, Rommie Amaro dell'Università della California a San Diego e Garegin Papoian, dell'Università del Maryland. I partecipanti sono stati poco più di 50, provenienti un po' da tutta Europa, dagli Stati Uniti e dal Canada. La foto ritrae quasi tutti i partecipanti sul lago di Caldonazzo, dove si è tenuta la cosiddetta "cena sociale", per festeggiare la fine del congresso in un'atmosfera informale. L'aspetto sociale dei congressi scientifici è quasi sempre tenuto in poco conto, ma è fondamentale: molti film descrivono chi fa ricerca come una persona isolata che spesso lotta contro il mondo. Non è mai così, ma proprio mai: la ricerca nasce dal confronto, ma soprattutto nasce dalla capacità di gestire le avventure della conoscenza in gruppo. E' quindi fondamentale anche l'aspetto umano: chi lavora insieme deve anche piacersi, perché altrimenti è davvero difficile lavorare gomito a gomito e affrontare le difficoltà che la ricerca scientifica comporta. Sono però sicuro che molti di voi si staranno chiedendo: "Sì ma cosa diavolo è la mesoscala?"

Riflessioni islandesi: quanto può resistere la vita in ambienti ostili?

Scrivo questo post nei giorni immediatamente successivi al mio ritorno da un fantastico giro dell'Islanda, un'isola magnifica che avrei sempre voluto visitare, con il timore che mi sarebbe piaciuta così tanto da decidere di volerci tornare sempre. O chissà, viverci. In effetti, il giro mi ha procurato un'emozione costante di stupore di fronte allo spettacolo della natura: non è neanche un libro di geologia a cielo aperto, ma è un compendio di scienze naturali con incluse le attività di laboratorio, ovviamente tutto a cielo aperto! Tra una cascata e l'altra, tra ambienti che sembravano lunari e altri che sembravano marziani, ma che in fondo dicono che il nostro pianeta offre una tale varietà da lasciare senza fiato, mi ha colpito molto come la vita avesse trovato il modo di adattarsi anche alle condizioni più estreme. La resilienza, insomma. Ecco, l'Islanda è il posto che ti dice che la vita è resiliente e che anche la tua lo è: se la lasci fare, impara ad adattarsi anche alle condizioni più estreme, ai passaggi più complicati, perché alla fine, come amano dire gli islandesi, "þetta reddast", ovvero accettiamo l'incertezza della vita credendo che in qualche modo le cose si sistemeranno. E in Islanda, alla fine, tutto si sistema, in qualche modo. Quali sono però le caratteristiche che rendono la vita così resiliente? E la biofisica computazionale può dire la sua anche in questo ambito? Mi sono documentato perché mi hanno incuriosito anche i batteri che vivono in assenza di luce nelle grotte laviche, oltre a quelli che vivono nelle acque ricche di sali di zolfo, con quell'odore pestilenziale di uova marce. Parliamo quindi di batteri estremofili (che amano l'estremo) e di come facciano a sopravvivere anche in quelle condizioni. Cosa permette a questi batteri di sopravvivere? Naturalmente si tratta di particolari adattamenti delle proteine di cui sono costituiti.

Trotterellando parte 2 - Genova, Bari e Lisbona

Questa seconda fase del tour di quest'anno è stato dedicato a tre mete che avevano obiettivi diversi, ma comunque importanti. Tolgo subito la tappa centrale, perché è più personale: sono stato nella mia città natale per liberare il mio appartamento. Per quanto sia stata un'esperienza faticosa sia sul piano fisico che emotivo, il decluttering (così si dice) è stato anche un momento di riflessione su quanto sto cercando di portare avanti sul piano delle ricerche e su quello didattico. I due piani restano per me profondamente interconnessi perché la didattica senza ricerca perde un po' il polso rispetto agli argomenti di punta, rischia di perdere di attualità. E' anche vero però che la ricerca può beneficiare molto dell'apporto della didattica, perché la didattica ti costringe spesso a semplificare all'osso i concetti, oltre a darti la possibilità di confrontarti con generazioni più giovani che hanno una percezione della realtà molto più al passo con i tempi. Tolta di mezzo questa tappa personale di riflessione, però, restano due tappe su queste due linee intrecciate. Genova è stata la sede del 27esimo Congresso Nazionale della Società Italiana di Biofisica Pura e Applicata. La cornice era davvero stupenda, nello splendido Palazzo della Borsa di Genova, un gioiello in stile liberty situato nel cuore della città. Città che mi ha proprio ricordato la biofisica, nel suo essere complicata e affascinante al tempo stesso. Ci sono strade che sembrano in salita e sono in discesa, e viceversa, tratti pianeggianti che all'improvviso si aprono su balconate o ponti per cui ti accorgi che c'è un altro pezzo di città sotto, oppure sopra. Insomma ci si perde, ma è un bel perdersi, un po' come in biofisica.

Trotterellando per Trieste, il Canada e la Lituania

Scrivo questo post mentre all'aeroporto di Bergamo aspetto il bus che mi riporterà a Trento, dopo tre tappe di un tour estivo che mi è praticamente piombato addosso senza quasi che io me ne accorgessi. Viaggiare mi è sempre piaciuto, grazie alla spinta di una curiosità talmente forte da riuscire a vincere qualunque tipo di ansia, anche se poi l'ansia mi accompagna sempre e comunque. Viaggiare per lavoro è diventato poi una specie di sport che mi appassiona, mi motiva e mi stanca, ma a cui non riesco a dire di no. Questa volta però ho viaggiato non tanto per presentare progetti di ricerca, quanto per costruire ponti: si tratta di viaggi che non hanno nulla a che fare con il nuovo incarico da direttore di dipartimento, li avrei fatti a prescindere, ma hanno assunto una connotazione particolare proprio perché l'incarico è talmente totalizzante che il dipartimento me lo sono portato dietro. Ho quindi viaggiato su tre livelli: uno personale, con la sensazione di scoperta che accompagna ogni viaggio, uno con l'attività di ricerca del mio gruppo in biofisica computazionale e uno caratterizzato dallo sguardo ampio delle possibilità per il dipartimento che rappresento.

Fisica: sostantivo singolare (poco) femminile. Ma Biofisica?

Scrivo questo pezzo dopo un incontro che ho trovato molto stimolante, tenutosi qui a Trento presso la sala messa a disposizione dalla Fondazione Caritro. Scrivo qui perché da quando ho accettato la sfida, l'onore e soprattutto la responsabilità di dirigere un intero Dipartimento di Fisica, cerco sempre di mantenere un profilo piuttosto basso agli incontri ai quali devo presenziare o semplicemente partecipo per mio interesse, a meno che non mi sia chiesto esplicitamente di intervenire. Non mi riesce particolarmente difficile, anzi: in qualche modo è un bel tuffo nel passato, a quei primi 16 anni della mia vita in cui ascoltavo molto, riflettevo anche di più, ma parlavo poco o niente, dicendo sì e no soltanto quando mi interrogavano e annuendo ancora meno. Un po' come una mia petite madeleine dei libri di Proust, quel ricordo involontario evocato da un particolare odore, come quello delle piccole madeleine appena sfornate. E' con questo spirito proustiano che ho partecipato a questo incontro, volontariamente intenzionato a non parlare per nulla e ad ascoltare. Si trattava di un confronto tra donne con un solo uomo che però aveva partecipato a un interessante "bilancio di genere" per conto della Società Italiana di Fisica. L'organizzazione era in capo ad alcune studentesse dell'Associazione Italiana Studenti di Fisica, con la collaborazione del Dipartimento di Fisica e della Fondazione Caritro. Tema? La scienza non ha genere.

Biofisica oggi: cos'è, cosa fa?

Lo spunto per la riflessione di questo mese è il cosiddetto Open Day della Laurea Magistrale in Fisica, organizzato dal Dipartimento che da qualche mese ho l'onore di dirigere. Si tratta di una giornata dedicata alla presentazione del percorso generale della nostra laurea magistrale e anche ai possibili piani di studio, uno dei quali riguarda la biofisica. Fino all'anno scorso ero io stesso a occuparmi della presentazione generale: quest'anno invece l'organizzazione è stata affidata al nuovo coordinatore delle attività didattiche del Dipartimento e quindi, in qualità di referente per il percorso in Biofisica, mi è stato chiesto di preparare una presentazione su questo percorso, su quali siano le tematiche di cui si occupa e, soprattutto, di quali siano le possibilità occupazionali di un percorso nell'ambito della biofisica. Queste domande erano state poste dagli studenti per tutti i vari percorsi in cui si articola la nostra laurea magistrale, per cui ho dovuto riflettere raccogliendo qualche spunto qua e là. In particolare, ho fatto riferimento al sito della Biophysical Society americana, che ha una sezione dedicata al materiale educativo: il corrispettivo europeo (EBSA) al momento non ne ha, ma ha una struttura particolare, essendo in sostanza una federazione di varie società nazionali. Il sito della nostra società italiana di biofisica pura e applicata (SIBPA) riporta invece un link a un canale youtube che pure presenta informazioni interessanti, un tentativo incoraggiante: non sempre in Italia siamo il fanalino di coda... sicuramente non lo siamo in biofisica!