Pronti per la prova costume?

Dal titolo del post dovrebbe essere chiaro l'argomento di questo mese: i grassi, che però indicherò con il loro termine scientifico che suona più elegante per il solito vizio italiano di sentirsi più fighi o meglio, più "cool" utilizzando termini di una lingua diversa, in particolare della lingua franca più usata. Oggi è l'inglese ma ai tempi dei romani era il greco, per cui il termine scientifico con cui vengono chiamati i grassi è "lipidi". Tranquilli, però: che siate o meno pronti per la prova costume, non dispenserò consigli su come perdere i chili di troppo, anche perché ne avrei bisogno io. Cercherò invece di descrivere alcuni aspetti delle ricerche sui lipidi in biofisica computazionale, partendo dal perché sono importanti, descrivendo come possono essere studiati e riportando i risultati di uno studio canadese apparso qualche giorno fa sul Biophysical Journal, la rivista americana di riferimento per la comunità dei biofisici.

Cosa farò da grande? Il Biofisico Computazionale!

In quei tempi antichissimi in cui io frequentavo le scuole medie sulle cartine vi assicuro che non c'era il Limes dell'Impero Romano, ma comparivano ancora la Germania Est (o DDR) e la Yugoslavia. Incredibilmente però c'era già la televisione (a colori!!!) e una delle prime pubblicità tormentone cominciava con una domanda posta a una serie di bambini (che oggi saranno probabilmente già genitori): cosa farai da grande? E via con le risposte: il paracadutista, la ballerina, il pompiere, e grazie al cielo nessuno osava dire l'influencer o il tronista, ma neanche il biofisico computazionale! Dopo questa tenera carrellata, compariva una mamma che consigliava, qualunque fosse la scelta, di mangiare i famosi bastoncini di pesce per diventare grandi: tutta forza e niente spine, accompagnata dal mitico capitano qui nella foto. 
Per questo mese ho deciso quindi di ispirarmi a questo tormentone degli anni '80 per fornire alcuni consigli su come si diventa un biofisico computazionale ai giorni nostri: non vi preoccupate, i bastoncini di pesce potete mangiarli o meno, secondo i gusti o sostituirli con un'insalata di seitan, germogli di soia, curcuma e semi di zucca (anche se io consiglierei una sana pasta, aglio olio e peperoncino).

La validazione, questa sconosciuta.

Nelle puntate precedenti ho provato, a mio personalissimo modo, a descrivere alcuni degli aspetti caratteristici della biofisica computazionale, intesa come applicazione delle simulazioni molecolari. Questo mese approfitto di un recentissimo articolo, di cui qui a lato riporto l'immagine rappresentativa, per parlare di validazione delle simulazioni molecolari.

Il termine, di per sé, suona già parecchio strano in italiano, tant'è che il dizionario lo riporta come vocabolo derivato dal sostantivo francese validation. Sempre il dizionario (in questo caso ho consultato il vocabolario Treccani online) ci informa che si tratta del "controllo della validità e della correttezza di dati scientifici realizzato attraverso il confronto con regole e dati già noti e attendibili". Risulta chiaro quindi quale sia il problema: nelle puntate precedenti ho parlato dei campi di forza, dei modelli che permettono di rappresentare una realtà così complicata come una molecola biologica sul calcolatore. Trattandosi di modelli, il confronto con l'esperimento è dunque cruciale: da questo confronto deriva dunque la validazione di cui l'articolo, scritto a 14 mani, tratta.

A ciascuno le sue analisi!

No, tranquilli. Non mi riferisco a nessuna analisi del voto politico in Italia: se ne discuterà abbastanza per mesi e in questo blog vorrei parlarvi di argomenti che per me sono molto più interessanti, appassionanti e, perché no?, divertenti! Questo mese ho deciso di parlare di analisi, perché ormai ho coperto una gran parte degli argomenti di base della biofisica computazionale, almeno così come la intendo, ma mi sono accorto di non aver ancora trattato proprio la parte che ritengo più importante. Da quanto ho discusso nelle puntate precedenti (e ormai questa è la quindicesima!) in realtà si potrebbe avere l'impressione che sia tutto relativamente facile. Per un buon calcolo di biofisica computazionale occorrono dei supercalcolatori (se non ci sono, eventualmente bisognerà usare un modello semplificato), un buon campo di forze (e ormai sono quasi tutti equivalenti, checché ne vogliano dire i fautori delle guerre di religione alle quali mi riferivo in un post precedente) e un buon programma per integrare le equazioni del moto. A quel punto, tutto diventa quasi automatico, occorre solo controllare che i supercalcolatori facciano il loro dovere.
Non è proprio così: un calcolo sputa fuori numeri, ma sono pur sempre numeri!

Una gita a... Bressanone!

Per la quinta edizione di un congresso che ormai è diventato una vera e propria tradizione per la comunità italiana della biofisica delle proteine. Si tratta di un convegno che si tiene ogni due anni, a febbraio. E' nato da un'idea di alcuni colleghi delle Università di Padova e Milano, verso la fine del 2009: eravamo un po' stanchi di convegni in cui si riunivano soprattutto i fisici teorici e discutevano dei vari modelli nel campo. Coloro che ritenevano importante un confronto con i dati sperimentali (e gli esperimenti in biofisica sono davvero complicati) cercavano un po' disperatamente un contatto su quel fronte andando in giro per le conferenze di biofisica e sentendosi (parlo per me, ma forse vale anche per gli altri) sempre come un intruso in un mondo di cui si capiva davvero poco.

2018: l'anno che verrà.

Come avrete intuito, il titolo della splendida canzone di Lucio Dalla sarà lo spunto per parlare dei miei progetti in Biofisica Computazionale per il 2018, qui a Trento. Si apre infatti un anno davvero decisivo per ciò che stiamo cercando di mettere su. La prima novità è appunto il fatto che quel "siamo" sta diventando sempre più grande e inclusivo: a partire da questo primo gennaio ha infatti preso servizio presso il nostro Dipartimento di Fisica Raffaello Potestio, vincitore di un finanziamento molto prestigioso del Consiglio delle Ricerche Europeo, o European Research Council (ERC). Si tratta di un finanziamento che va sotto il nome di ERC-Starting Grant e che permette al vincitore o alla vincitrice di svolgere ricerche in completa autonomia presso un qualunque istituto di ricerca in Europa per 5 anni. L'istituto che accoglie il ricercatore riceve anche una buona parte dei finanziamenti che coprono i costi di gestione: Raffaello ha scelto proprio Trento per la sua ricerca che si svolgerà nell'ambito della Biofisica Computazionale.

Integrator

Nonostante la rassicurante immagine natalizia con gli auguri da parte dell'ex governatore della California qui a fianco, il post di questo mese non è dedicato a un nuovo film in uscita nelle sale, ma al fantastico mondo degli integratori, ovvero i motori di un algoritmo di dinamica molecolare, dei quali mai avrei pensato di poter scrivere. Quando ho deciso di mettere su questo blog, circa un anno fa, pensavo fosse relativamente facile spiegare quello che, da circa 10 anni a questa parte, ho scelto di portare avanti come mia principale attività di ricerca. La verità è che non è per niente facile, soprattutto senza l'ausilio delle mie amate equazioni, tuttavia è molto istruttivo cercare di farlo e, a tratti, anche piuttosto divertente, almeno per me. Per chi legge, non so. Tentiamo dunque l'impresa e fatemi sapere come è andata!