Le sfide del 2024

Quello che è appena iniziato non è un anno: è un'entusiasmante sfida, quasi a voler esorcizzare il fatto che il compleanno appena passato abbia segnato una cifra tonda che costituisce uno spartiacque in cui davvero nessuno potrà più dirmi "sei ancora giovane". Perché fisicamente non lo sono. Ma Rita Levi Montalcini diceva "Il corpo faccia quello che vuole. Io non sono il corpo: io sono la mente." E quindi il corpo ormai si è beccato la presbiopia e una serie di stanchezze di cui qualche anno fa non conosceva neanche l'esistenza, ma la mente accoglie le sfide con il coraggio e anche la sfrontatezza di due 25enni, uno magari un po' più serio, ma l'altro perennemente in vena di divertirsi e far divertire, in una combinazione che fa sì che io mi diverta lavorando, e lavori divertendomi. Anche quando le cose si mettono male, o forse proprio quando le cose si mettono male: l'ironia per me è sempre un'ancora di salvezza.

High throughput: cosa, come, quando e perché?

Si sente spesso parlare di metodi high throughput, anche in biofisica computazionale. Ma cosa si intende davvero per metodi high throughput? Sono davvero parte della biofisica computazionale, ammesso che sia possibile stabilirne i confini? E se questi confini esistono, e i metodi high throughput dovessero finire fuori, quanto fuori sarebbero? Ho deciso di rispondere a tutte queste domande, anche se devo premettere che la mia resta sempre una visione molto personale e non ha alcuna pretesa di verità assoluta, ammesso che ne esista una in un campo scientifico così vivace. Vado però con ordine, perché parlare di metodi high throughput richiede almeno una definizione: in generale, per high throughput si intendono tutte quelle analisi scientifiche in grado di svolgere test su un numero molto grande di dati in un tempo ristretto grazie a macchinari e/o strumentazioni automatizzate. La definizione (di wikipedia) però non permette di capire a cosa si riferiscano nel campo della biofisica computazionale.

Biofisica computazionale e medicina di precisione: questo matrimonio s'ha da fare!

Nella mia erratica carriera in biofisica computazionale, mi sono spesso lasciato trascinare dalla curiosità. Sì, negli articoli scrivevo che quel particolare studio avrebbe potuto offrire nuovi punti di vista per comprendere un meccanismo di funzionamento di una proteina, ma non ci credevo poi tanto. Con la maturità ho cominciato a chiedermi: ma poi, alla fine, di questi dettagli con l'amminoacido X che fa un ponte salino con l'amminoacido Y, a chi importerà? Quale sarà il valore aggiunto? E' una domanda che ho anche posto spesso ai miei colleghi con una preparazione più specifica nelle scienze della vita: la risposta era sempre che comprendere i meccanismi molecolari avrebbe potuto aiutare a trovare dei farmaci, o a capire perché certi farmaci funzionano e altri no. Per un ipocondriaco come me, questa risposta mi restituiva il sorriso e stuzzicava la mia curiosità, che in realtà non ha bisogno di essere stuzzicata perché ha sempre dominato la mia vita, le mie scelte e le mie sfide. E meno male: altrimenti con le paure che ho, sarei rimasto fermo. Ma sto divagando. Il punto è che nei giorni scorsi ho avuto modo di riflettere sulla medicina di precisione e voglio riportare qui alcune delle mie osservazioni, nella speranza di averci capito qualcosa, ma soprattutto con il desiderio di confrontarmi su queste tematiche con chi ne sa più di me.

PIN, ovvero facciamo rete!

No, tranquilli, non è il fastidiosissimo Identificatore Numerico Personale che dobbiamo inserire per qualunque attività online, ma sarebbe al plurale, perché questo mese ho deciso di parlare delle Reti di Interazioni nelle Proteine, ovvero Protein Interaction Networks, le PIN appunto. Anzitutto, bisogna fare attenzione a non confondere le PIN con le PPIN: le prime sono le reti individuate dalle interazioni all'interno delle proteine, mentre le seconde sono le Protein-Protein Interaction Networks, ovvero le reti formate da interazioni tra proteine. Le PIN si riferiscono ad un'unica struttura proteica (o a un agglomerato di proteine, un complesso macromolecolare), mentre le PPIN si riferiscono proprio all'organizzazione delle proteine a formare una rete all'interno della cellula, con ciascuna proteina che può influire su tante altre e tutte insieme fanno funzionare (o non fanno funzionare, in caso di malattie) le nostre cellule. Per le PIN spesso si preferisce usare il termine PSN che sta per Protein Structure Networks, in quanto si parla di reti strutturali delle proteine. Tuttavia il termine PSN restituisce un'immagine piuttosto statica, mentre le PIN a cui vorrei riferirmi in questo post sono reti dinamiche di interazioni. Si tratta di una tematica che è cresciuta moltissimo, partendo dalla teoria delle reti, a sua volta figlia della teoria dei grafi in matematica. A partire dai primi tentativi (soprattutto all'inizio degli anni 2000), la teoria delle reti è stata applicata a tantissimi sistemi, tutti complessi e infatti la società di riferimento per questi lavori è proprio la Società per i Sistemi Complessi. Ma perché rete? E come si costruisce una rete in una proteina?

Una mimosa in giro per l'Europa: collaborare per costruire

Il post di questo mese è dedicato al secondo incontro per la collaborazione MIMOSA, finanziata dall'Unione Europea, di cui avevo già parlato in post precedenti. Il primo incontro era un cosiddetto kick-off, cioè un incontro per far partire il progetto e si è tenuto a Rouen proprio un anno fa. Questa volta toccava a noi qui a Trento organizzare l'incontro: non è la prima volta che mi accade di organizzare workshop, scuole, meeting e congressi da quando sono qui (e sono "solo" 7 anni), ma questo era un po' particolare, perché aveva proprio come obiettivo fare il punto della situazione all'interno della collaborazione e capire cosa è stato fatto finora e, ancora più importante, cosa fare adesso. Per questo motivo abbiamo preferito anche un'organizzazione un po' insolita rispetto alle conferenze abituali: il primo giorno è stato dedicato all'esposizione dei risultati ottenuti dai singoli gruppi con le classiche relazioni e le onnipresenti slide, ma il secondo giorno è stato completamente occupato da un tavolo di discussione proprio per cercare di capire quali sinergie possono emergere e come costruire i prossimi passi in collaborazione.

La sindrome di Stoccolma, ovvero EBSA2023

Nei giorni scorsi si è tenuto a Stoccolma il quattordicesimo congresso dell’Associazione delle Società Europee di Biofisica (European Biophysical Societies’ Association), o EBSA. Per me è stata la prima volta in assoluto, nonostante avessi partecipato più volte ai congressi della corrispondente Biophysical Society americana. Il fatto è che da pochi anni mi sono iscritto alla Società Italiana di Biofisica Pura e Applicata (SIBPA), mi ero ripromesso di partecipare al congresso del 2021 a Vienna, ma è caduto in piena pandemia e ho preferito evitare. C’era poi un’ulteriore motivazione: quest’anno ricorre anche il 50esimo della SIBPA che ha esattamente la mia età, per cui il congresso dell’EBSA avrebbe dedicato una sessione proprio alla biofisica in Italia. Infine, non ero mai stato in Svezia e per me ogni occasione è buona, in estate, per sfuggire alle temperature dell’area del Mediterraneo e rifugiarmi al nord. Il congresso non ha deluso le mie aspettative, anzi, come succede proprio in occasione delle migliori conferenze, sono tornato con un sacco di dubbi e un’unica certezza: ho ancora tantissimo da imparare. Il post di questo mese è quindi un po’ il mio blocco degli appunti, che ho deciso di condividere.

I miei primi 50 anni, navigando verso l'ignoto...

Una birra per ogni decennio!

Si capisce già dal titolo che si tratterà di un post un po' diverso dagli altri, perché questo mese ho festeggiato i miei primi 50 anni, in un modo decisamente insolito per chi mi conosce, anche se probabilmente chi mi conosce proprio bene non è rimasto del tutto sorpreso. Ho deciso infatti di regalarmi una crociera in un Paese che mi ha sempre affascinato moltissimo per i suoi paesaggi, per i suoi colori e anche per il suo clima: la Norvegia, con i suoi fiordi, il sole di mezzanotte e le sue curiosità, tra cui c'è sempre stata, per me, la domanda: "ma come fanno a vivere lì, oltre il circolo polare artico?". Perché poi  è sempre la vita che mi incuriosisce e come faccia ad adattarsi anche alle condizioni più estreme. La parola chiave è proprio "adattamento", perché io devo adattarmi alla mia nuova età, al fatto che di giovane ormai forse mi è rimasto solo il modo di pensare (spero!) adattandomi alle situazioni, alle circostanze, ai tempi... e perché ho scoperto che forse uno dei pochi tratti del mio carattere che mi piacciono è proprio la mia capacità di adattarmi e di ricrearmi un mio mondo anche nelle situazioni più assurde.