Aprile, dolce dormire? Macché...

Ogni tanto mi piace dedicare una puntata del blog agli eventi già svolti o in programma in generale a Trento e, più in particolare, nel mio calendario sempre affollato. Nello specifico, questo mese vorrei parlare della Biophysics Week, la cui quarta edizione si è appena conclusa e, come potete vedere dalla figura celebrativa qui a lato, ha contato 68 eventi distribuiti nei 6 continenti in 26 Paesi e più di 100mila contatti raggiunti sui social media. Di cosa si tratta? E' un evento organizzato dalla Biophysical Society americana, la cui prima edizione è del 2016: lo scopo è quello di (traduzione letterale) "celebrare e aumentare la consapevolezza del campo". Si tratta infatti di un campo che comporta scelte consapevoli: cercare di affrontare lo studio della biologia con tecniche fisiche è, infatti, un'impresa che richiede una notevole capacità di adattamento e che può essere, a volte, frustrante. Come mai?

Armi computazionali contro l'HIV

La guerra contro l'HIV (virus da immunodeficienza umana) prosegue ormai dalla sua scoperta, avvenuta nel 1983, e dal collegamento scientificamente dimostrato tra il virus HIV e la sindrome da immunodeficienza acquisita, tristemente nota con la sua sigla inglese AIDS. Le terapie antiretrovirali, cioè che bloccano la replicazione del virus all'interno dell'organismo, hanno permesso di ottenere aspettative di vita che erano impensabili fino solo a 15 anni fa. Oggi, una diagnosi di sieropositività non è (più) una condanna a morte, ma una condanna ad assumere dei farmaci che possono avere anche effetti collaterali pesanti e però allungano molto (in linea di principio anche indefinitamente) il periodo tra il contatto con il virus e l'insorgenza della malattia. Naturalmente, a patto che il malato sia consapevole di aver contratto l'infezione, una ragione in più per sottoporsi ai test di sieropositività. La ricerca scientifica ha certamente fatto passi da gigante contro questa terribile malattia, terribile soprattutto per i Paesi più poveri del mondo, ma la guerra al virus dell'HIV è ben lontana dall'essere conclusa. La biofisica computazionale può essere un'arma?

Facciamoci un nodo...

Farsi un nodo alla cravatta è una di quelle abilità che, almeno a me, richiedono sempre un rapido

ripasso: anni fa, viaggiavo con un ritaglio di giornale come quello qui a lato tutte le volte che una qualche cerimonia ufficiale (tipicamente un matrimonio) richiedeva l'eleganza della cravatta. Oggi tutto è reso molto più facile dalla presenza di internet ovunque: resta però la difficoltà nel realizzare il nodo. Ho conosciuto varie persone che addirittura si portavano una cravatta già annodata che veniva poi stretta intorno al collo in occasione della cerimonia e guai a scioglierla! Non avrebbero più saputo come riformare il nodo! Chiunque abbia quindi dovuto imparare a fare il nodo alla cravatta, potrà apprezzare che molte proteine siano in grado di annodarsi da sole, o forse esserne ancora ulteriormente frustrato!

La biologia: un caso complicato di ingegneria inversa?

Bob Eisenberg, Rush Medical College

Il titolo è una mia rielaborazione di un articolo apparso su un numero speciale del Journal of Molecular Liquids, dedicato alla memoria del fisico-chimico Lesser Blum, scomparso nel 2016. L'articolo è a firma di Bob Eisenberg, che ho avuto il piacere di conoscere nel 2008 durante uno dei miei periodi estivi alla SISSA di Trieste e con cui ho potuto poi lavorare direttamente nell'estate del 2009, presso il Rush Medical College di Chicago. Bob (qui a lato) è sempre stato molto illuminante nelle sue disamine su cosa dovrebbero fare i fisici che si occupano di biologia: la sua è una mentalità aperta e ossessionata dalla curiosità, aperta sì, ma mai accomodante, con opinioni personali forti, ma argomentate molto bene. Insomma, una di quelle persone con cui è un piacere parlare e la cui amicizia mi fa davvero molto onore. Il suo articolo è molto lungo e argomentato, ma qui mi premeva parlarne per sottolineare alcuni spunti di riflessione: ce ne sono tanti altri, ma forse dedicherò qualche altro post ad approfondirne alcuni. Invito comunque i miei lettori a dare un'occhiata all'articolo originale (qui una versione liberamente scaricabile) anche perché non è affatto complicato ed è scritto in un inglese davvero impeccabile.

Colesterolo: riparliamone!

Trionfo di colesterolo a Carpi (foto di E. Rametta)

Un weekend nel cuore delle terre dello gnocco fritto e dei tortelli, tra Carpi, Modena e Mantova è stato il modo migliore per completare il post di questo mese che è dedicato a recentissimi studi sul colesterolo. Ne avevo già parlato a giugno, a proposito di un articolo sulla formazione delle cosiddette "zattere lipidiche", ma il nuovo numero del Biophysical Journal ha riportato due studi computazionali, apparentemente indipendenti, proprio sul ruolo del colesterolo nel determinare le diverse fasi che possono assumere le membrane in cui è contenuto.

Biologia computazionale o biologia e basta?

Prendo lo spunto da un articolo comparso l'anno scorso sulla rivista PLOS Biology, a firma di Florian Markowetz, dell'Università di Cambridge, in Inghilterra. Il titolo originale dell'articolo è "Tutta la biologia è biologia computazionale": mi è piaciuto perché l'autore è partito da uno spunto personale per parlare di come la biologia computazionale stia rivoluzionando l'intero mondo della biologia. O forse semplicemente di come la biologia stia arrivando a un livello di maturazione che ha già interessato altre discipline scientifiche. Lo spunto di partenza di Markowetz è il suo colloquio di lavoro che lo ha portato poi a ricoprire il ruolo che attualmente riveste presso il Centro di Ricerca sul Cancro dell'Università di Cambridge. Markowetz, matematico di formazione e con un'attività di ricerca prevalente in apprendimento automatico (il machine learning di cui si parla tanto), si trovava a fronteggiare una commissione di biologi che, giustamente, si chiedevano quale fosse l'utilità di assumere un matematico in un Centro di Ricerca sul Cancro. Proveniva già da esperienze negative in tal senso, in cui la commissione aveva ritenuto inutile puntare su quella che avevano definito "un'unità di servizio matematico", per qualcuno che mostrava "una mancanza di comprensione approfondita della biologia" e la cui carriera scientifica era stata "fondata sulle collaborazioni" (con i biologi, sottinteso), quasi a voler denigrare il suo apporto.

Nella comunità biomedica addirittura è stata usata l'espressione "parassiti della ricerca" per definire i biologi computazionali che fanno uso dei dati sperimentali già pubblicati sulle riviste per cercare di dar loro un senso e interpretarli con i loro modelli.

Dal vostro inviato a Chicago, Illinois

The bean, ovvero il fagiolo, una scultura moderna nella

quale si riflette lo skyline di Chicago all'alba.

Sono reduce (è il caso di dire) da un viaggio lampo negli Stati Uniti, per quello che era l'impegno più temuto di questo 2018, ovvero il mio intervento per una Topical Review al congresso annuale della Società per la Ricerca sulle Radiazioni (Radiation Research Society Annual Meeting), che si è tenuto nella splendida Chicago dal 23 al 26 settembre. E mi sembra giusto parlarne qui, non solo per l'interesse che questa esperienza ha suscitato in me, ma anche per condividere una parte forse poco nota del nostro lavoro di ricercatori, una delle tre componenti fondamentali in cui si articola il mio bellissimo mestiere (le altre due sono la didattica e gli incarichi amministrativi).